Часть первая: Самая великая история
Основная статья: Христианство
Первая часть оценивает исторический смысл Библии. Согласно мнению автора, исторически Иисус — это всего лишь литературный и астрологический вымысел, Библия базируется на астрологических принципах, которые существовали задолго до появления Иисуса Христа во многих древних цивилизациях. Автор проводит параллель между ранними цивилизациями, которые персонифицировали Солнце как Бога, а 12 созвездий, по которым солнце путешествует по небосводу в различный период времени, с Иисусом и его 12 учениками. В первой части фильма также приводятся некоторые доводы в пользу языческого происхождения современного христианства и символа Креста

Часть вторая: Глобальный сценарий
Основная статья: Теории заговора относительно событий 11 сентября 2001 года
Вторая часть документального фильма «Дух времени» утверждает, что события 11 сентября 2001 года были спланированы правительством США, чтобы возбудить массовые волнения для оправдания начала войн в Ираке и Афганистане, чтобы урезать гражданские свободы у американского населения и создать прецедент для объявления войны только под одним предлогом — борьбы с глобальным терроризмом. Как и многие другие фильмы частных расследований событий 11 сентября 2001, «Дух времени» рассматривает теорию о том, что летчики, захватившие опытный и подготовленный персонал самолетов с помощью одних только канцелярских ножей, были агентами, каким-то образом связанными с правительством США, а крушение центра всемирной торговли было заранее подготовлено, где до события удара самолета центральные колонны ВТЦ были перерезаны под углом или взорваны, а после удара самолетов здания были подорваны с помощью термитной смеси, что привело к их полному и быстрому обрушению.

Часть третья: Люди за занавесом
Основная статья: Трёхсторонняя комиссия
Третья часть фильма повествует о том, как часть банкиров (Джон Морган, Джон Рокфеллер и другие) в начале 20 века объединили свои усилия, желая создать картель, в котором они могли бы контролировать и владеть всеми финансовыми ресурсами США, тем самым, получив мировое господство и власть. Эта группа людей использовала свои финансовые ресурсы и личные интересы, чтобы создать в обществе финансовую панику, используя этот случай для консолидации конкуренции в лице независимых банков. По мнению Питера Йозефа, это приведет к теории электронного заговора. В третьей части также звучат заявления о том, что ФРС США и ЦБ США были созданы мошенническим путем ради одной цели — украсть богатство нации и контролировать военные, политические и культурные события для личной финансовой выгоды. Что, по мнению автора фильма, в итоге приведет к единому государству на планете, в котором главенствующую роль будет выполнять олигархия.