1. Почему Сун и компанию вместе с Джеком, Кейт и Хёрли не кинуло на 30 лет назад?
2. Как Джейкоб попадал на больщую землю?
3. Кто построил статую Тауэрт?
4. Кто построил храм и кто такие другие???
5. Как Уидмор оказался на острове?
6. С первых сезонов мучал вопрос какую роль в сериале играют числа 4 15 16 23 42?
7. Как мама джейкоба оказалась на острове и с чего началась "охрана".
8. Кто убил всех людей в деревне в эпизоде 6х15?
9. Чей глаз мы видели в хижине в эпизоде 4х01?
10. Как "Дхарма" узнала об острове?
11. Что из себя представляет дымок?
12. Почему дымок не мог убить кандидатов, проще говоря что за правила были между ним и Джейкобом???
13. Остаётся открытым вопрос о способностях острова, как изцелился Локк, Роуз... а в тоже время у Бена была опухоль? Как воскрес Саид? Так-же к этому вопросу можно добавить проблему рождаемости, опять-же не у всех.
16. Как зовут брата Джейкоба? (Спойлерные версии Samuel и Esau, источник DarkUFO)

Вопросы по финалу:

Думаю многие со мной согласятся что альтернативная реальность это всё-таки что-то на подобие чистилища или само чистилище. И в независимости от того когда человек умер в настоящей временной линии все попадают именно туда пока не найдут друг друга. В таком случае появляются следующие вопросы:

14. Почему именно эти люди собрались в церкви, если исходить из логики и там все кто нашел свою вторую половину и обрёл счастье, то что там делает Локк и Бун?
15. Так-же не понятно, если альтернативная реальность всё-таки соответсвует временной линии и там всё по настоящему, то как воскрес отец Джека, ведь он считался мёртвым. К примеру люди которых убил Саид на врятли воскресли.

П.С. По моему о том как Кейт, Сойер, Клер, Майлз, Френк, Ричард улетели с острова и что делали на острове Хёрли, Бен и Дезмонд, можно снять ещё 6 сезонов...