Дед Харуки Мураками, буддийский священник, содержал небольшой храм. Отец преподавал в школе японский язык и литературу, а в свободное время также занимался буддийским просветительством. Учился по специальности «классическая драма» на отделении театральных искусств университета Васэда. В 1950 году семья писателя переехала в город Асия — пригород порта Кобэ (префектура Хёго).

В 1971 году женился на однокласснице Ёко, с которой живет до сих пор, детей нет. В 1974 году открыл свой джаз-бар «Питер Кэт» в районе Кокубундзи, Токио. В 1977 году переехал со своим баром в более спокойный район города, Сэндагая.

В апреле 1978 года во время бейсбольного матча понял, что мог бы написать книгу. До сих пор не знает, почему именно. По словам самого Мураками: «Я просто понял это — и всё». Мураками всё чаще оставался после закрытия бара на ночь и писал тексты — чернильной ручкой на простых листах бумаги.

В 1979 году опубликована повесть «Слушай песню ветра» — первую часть т. н. «Трилогии Крысы». Получил за неё литературную премию «Гундзо синдзин-сё» — престижную награду, ежегодно присуждаемую журналом «Гундзо» начинающим японским писателям. А чуть позже — премию «Нома» от ведущего литературоведческого журнала «Бунгэй» за то же самое. Уже к концу года роман-призёр был распродан неслыханным для дебюта тиражом — свыше 150 тысяч экземпляров в твёрдой обложке.

В 1980 году опубликована повесть «Пинбол-1973» — вторая часть «Трилогии Крысы».

В 1981 году Мураками продал лицензию на управление баром и стал профессиональным писателем. В 1982 году он закончил свой первый роман «Охота на овец» — третью часть «Трилогии Крысы». В том же году получил за него очередную премию «Нома». В 1983 году опубликованы два сборника рассказов: «Неспешной лодкой до Китая» и «Лучший день, чтобы смотреть на кенгуру». В 1984 году был выпущен сборник рассказов «Светлячок, сжечь сарай и другие истории».

В 1985 году опубликован роман «Страна Чудес без тормозов и Конец Света», за который в том же году получил премию «Танидзаки». Кроме выше упомянутого романа в этом году вышла книга детских сказок «Рождество Овцы» с иллюстрациями Сасаки Маки и сборник рассказов «Смертельный жар карусели с лошадками».

В 1986 году Мураками уехал с женой в Италию, а позже в Грецию. Пропутешествовал по нескольким островам Эгейского моря. В Японии вышел сборник рассказов «Повторный налет на булочную».

В 1987 году опубликован роман «Норвежский лес». Переехал в Лондон. В 1988 году в Лондоне Мураками закончил работу над романом «Дэнс, дэнс, дэнс» — продолжение «Трилогии Крысы». В 1990 году в Японии вышел сборник рассказов «Телелюди наносят ответный удар».

В 1991 году Мураками переехал в США и занял должность стажёра-исследователя в университете города Принстон, штат Нью-Джерси. В Японии вышло 8-томное собрание сочинений, в которое вошло всё, что было написано в период c 1979 г. по 1989 г. В 1992 году получил степень адъюнкт-профессора Принстонского университета. Закончил и опубликовал в Японии роман «К югу от границы, на запад от солнца».

Уехав из Японии на Запад, он, прекрасно владевший английским языком, впервые в истории японской литературы начал смотреть на свою родину глазами европейца:

…Я уехал в Штаты почти на пять лет, и вдруг, живя там, совершенно неожиданно захотел писать о Японии и о японцах. Иногда о прошлом, иногда о том, как там всё сейчас. Легче писать о своей стране, когда ты далеко. На расстоянии можно увидеть свою страну такой, какая она есть. До того я как-то не очень хотел писать о Японии. Я просто хотел писать о себе и своём мире

— вспоминал он в одном из своих интервью, которые не очень любит давать.

В июле 1993 переехал в город Санта-Ана, Калифорния, читать лекции по современной (послевоенной) мировой литературе в университете Уильяма Говарда Тафта. Посетил Китай и Монголию. В 1994 в Токио вышли первые 2 тома романа «Хроники Заводной Птицы».

1995 — Вышел 3-й том «Хроник». В Японии случилось сразу две трагедии: землетрясение в Кобэ и зариновая атака секты «Аум-синрикё». Мураками начал работу над документальной книгой «Подземка».

В 1996 выпустил сборник рассказов «Призраки Лексингтона». Вернулся в Японию и поселился в Токио. Провел ряд встреч и интервью с жертвами и палачами «заринового теракта».

В 1997 опубликовал документальный двухтомник «Подземка». В 1999 опубликовал роман «Мой любимый sputnik». В 2000 выпустил сборник рассказов «Все божьи дети могут танцевать».

Январь 2001 — Переехал в дом на берегу моря в г. Оисо, где и живет до сих пор.

Август 2002 — Написал предисловие к выходящей в Москве «Стране Чудес без тормозов».

В сентябре 2002 опубликовал свой десятый художественный роман, двухтомник «Кафка на пляже».

В феврале 2003 выпустил новый перевод романа Сэлинджера «Над пропастью во ржи», который побил все рекорды продаж переводной литературы в Японии начала нового века.

В июне-июле 2003 вместе с коллегами из клуба путешественников «Токийская сушеная каракатица» впервые побывал в России — на острове Сахалин. В сентябре уехал в Исландию. В это же время приступил к работе над очередным романом, который был опубликован в 2004 году под названием «Послемрак».

В 2006 писатель получил литературную премию имени Франца Кафки. Церемония награждения прошла в Городском Зале Собраний в Праге, где номинанту была вручена небольшая статуэтка Кафки и чек на 10 тысяч долларов.

В 2008 году в интервью информационному агентству Киодо Мураками сообщил, что работает над новым очень крупным романом. «Каждый день сейчас я сижу за столом по пять-шесть часов, — сказал Мураками. — Я работаю над новым романом уже год и два месяца». Писатель уверяет, что его вдохновляет Достоевский. «Он стал продуктивнее с годами и написал „Братьев Карамазовых“, когда уже постарел. Мне бы хотелось сделать то же самое». По словам Мураками, он намерен создать «гигантский роман, который бы поглотил хаос всего мира и ясно показал направление его развития». Именно поэтому писатель отказался сейчас от интимной манеры своих ранних произведений, которые обычно писались от первого лица. «Роман, который я держу в своей голове, сочетает взгляды разных людей, разные истории, что создает общую единую историю, — разъясняет писатель. — Поэтому я должен писать сейчас от третьего лица».

В 2009 году Харуки Мураками осудил Тель-Авив за агрессию в секторе Газа и убийство мирных палестинцев.Об этом литератор сказал в Иерусалиме, воспользовавшись трибуной, предоставленной ему в связи с присуждением литературной Иерусалимской премии за 2009 год.

«В результате атаки на сектор Газа погибли более тысячи человек, включая многих невооруженных граждан, — сказал писатель в 15-минутной речи на английском языке на состоявшихся торжествах в Иерусалиме. — Приезжать сюда на получение премии значило бы создавать впечатление, что я поддерживаю политику подавляющего использования военной силы. Однако вместо того, чтобы не присутствовать и промолчать, я выбрал возможность говорить»

«Когда я пишу роман, — заявил Мураками, — у меня всегда в душе живет образ яйца, которое разбивается о высокую прочную стену. „Стеной“ могут быть танки, ракеты, фосфорные бомбы. А „яйцо“ — это всегда невооруженные люди, их подавляют, их расстреливают. Я в этой схватке всегда на стороне яйца. Есть ли прок в писателях, которые стоят на стороне стены?»

28 мая 2009 года в продажу в Японии поступил новый роман писателя "1984". Весь стартовый тираж книги был раскуплен еще до конца дня.

Переводческая деятельность
Мураками перевёл с английского на японский ряд произведений Фрэнсиса Скотта Фицджеральда, Трумэна Капоте, Джона Ирвинга, Джерома Сэлинджера и других американских прозаиков конца XX века, а также сказки Ван Альсбурга и Урсулы ле Гуин.