Мои версии.

1. Колесо построили "Другие" во главе с Ричардом. Это произошло раньше, чем основалась Дарма.
Зачем? Для тех же целей, для чего его и использовали в сериале. Для того, чтобы, если острову и всем на нём находящимся будет угрожать опасность, его можно было бы переместить.
Затем Дарма, обнаружив колодец с колесом, решила его использовать в своих научных целях. Для этого строится Орхидея и вскоре, узнав, что они "докопались" до колеса (может быть, с другой стороны), они строят специальную кабину телепортации, где происходят перемещения.
Конечно остаётся много вопросов, например, как это колесо мог построить Ричард, однако, на эти вопросы у меня пока ответа нет, т.к. мы ещё мало знаем о колесе и о самом Ричарде.
Эта версия тоже вероятна, потому что мы знаем, что у Дармы было много разных станций и они много чего исследовали, так что не исключено, что им захотелось исследовать и перемещения во времени.

2. Колесо изобрела сама Дарма. Это им понадобилось для того, чтобы заняться перемещениями во времени, и для этого была построена Орхидея и специальная кабина телепортации, которую нам показывали в последнем эпизоде 4-го сезона.
Эти версии обосновывают, почему мы видим, что колодец был построен раньше, чем сама станция.

P.S. Может быть это колесо произошло в связи с действиями Джейкоба, однако тут нечего сказать, т.к. мы даже не знаем, кто такой Джейкоб.