Кроме того, мне тут подумалось, - а что, если Клэр, так же как и Чарли, давно уже должна была умереть?
(ее могло убить крылом самолета, могла погибнуть от рук Других, от молнии за компанию с Чарли, утонуть, погибнуть во время взрыва дома). Кстати, она уже тогда могла быть не совсем жива - не зря же Майлз такой неподдельный интерес проявлял

Ее беспокоит ребенок, поэтому она и являлась к Кейт с предупреждением, что нельзя Аарона возвращать на остров.

Ну вообще-то Клэр конкретно имени Аарона НЕ называет.
Думаю, она про Локка.

Ну вроде как физически она мертва, а дела еще остались И эмоциональное влияние она имеет.
Думаю, она погибла во время взрыва. Там и Чарли ей явился. Но так как у нее еще была "work to do" - то есть защитить Аарона, ей дана была "отсрочка", и как только стало понятно, что Сойер может позаботиться о ребенке, ее "вызвали".
Кроме того - как вам ремарка на слова Клэр "по крайней мере я жива" (или типа того) от всевидящего Майзла "я бы не был в этом так уверен". На первый взгляд это можно было бы трактовать, как - "еще неясно, выберемся ли мы отсюда живыми", но Лост знаменит неоднозначными высказываниями, так что...
Она еще потом в джунглях жалуется на голову и на то, что ей что-то чудилось.