1. По-другому быть не могло. Это было бы отклонение от сюжета. Создателям важно показать основную нить сюжета, поэтому вспышки происходят в нужных местах. У них задуман сценарий, и они его реализуют. Могло быть так, а могло и по-другому, но по сюжету именно так.

2. Вспышки происходили нерегулярно. Вообще ничего странного нет в том, что очередная произошла, когда Локк спускался в колодец.

Насчет колодца. Высказались уже многие идеи, так что добавить, увы, мне нечего. Хочу заострить внимание лишь на одном факте. Локк переместился вместе с остальными лостовчанами, и переместился он не в кучу земли, а в свободное пространство. У лостовчан сверху не было колодца, следовательно, они попали либо в то время, когда его ещё не построили, либо в то, когда его уже закапали. Если предположить, что верен второй вариант, то выходит не стыковка, о которой я подметил выше: Локк переместился в свободное пространство. Поясню для тех, кому не совсем ясно: если бы колодец закопали, то насыпанная земля заполнила бы все то нижнее пространство, ту пещерку, в которую упал Локк. У Локка же там было пусто. Отсюда следует сделать вывод, что либо колодец закапали, и потом кто-то расчистил пещерку под ним, либо колодец никто никогда не закапывал, а лостовчане попали в древние времена, когда он ещё не был построен. Но, опять же, в сцене падения Локка можно увидеть каменные стены по бокам, которые являются основанием того колодца. Так что последний вариант тоже не подходит.